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高通量测序可以追踪葡萄病毒的历史传播

葡萄藤被90多种病毒感染,由于高通量测序(HTS)新技术的引入,每年都会发现新的病毒种类。在过去的十年里,HTS被用于病毒的鉴定(病毒基因组的组合),这反过来帮助植物病理学家的未来研究。

法国的一组科学家利用系统的数据收集了两种葡萄藤trichovirus,葡萄藤灰皮诺病毒(GPGV)和葡萄藤浆果内坏死病毒(GINV)的信息。他们能够从世界各地捕获新的完整病毒基因组。他们利用自己的高温超导数据集和全球高温超导数据库收集这些信息。这些汇编的信息有助于解开这两种新出现的病毒的进化史,它们对葡萄栽培显示出新的威胁。

他们的研究表明,GPGV和GINV很可能起源于亚洲。20世纪50年代或60年代,GPGV被引入欧洲,80年代和90年代,随着用于酿酒业的土地越来越多,GPGV又从那里转移到南美和北美。有趣的是,GPGV的所有洲际移动似乎都发生在2012年该病毒在意大利被识别和鉴定之前。

他们还发现,虽然这两种病毒关系密切,但它们在流行病学上的成功程度也有很大差异。他们假设,这种差异可能是成功的检疫和控制措施的结果,适用于与高度症状的GINV有关的物质的洲际转移,以防止它的传播,而这些相同的措施无效的GPGV经常显示异质症状葡萄。

该论文的第一作者Jean-Michel Hily说:“这项工作是此类工作中的首例,重新定义了两种感染植物的病毒的全球进化史。”“虽然之前的工作显示了一些重要的植物病毒运动,但这些总是局限于大陆层面,从未在我们的论文中描述的世界范围内。”

Hily还评论了高温超导和其他建模工具的结合。“我们使用的程序为我们提供了一些国家和大陆之间病毒传播的日期,这些日期与世界各地葡萄藤的历史有着令人印象深刻的关联。”

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